Dzong v Punakce je druhý největší a druhý nejstarší v Bhútánu. Původně se jmenoval Puntang Dechen Phodrang
Dzong, což znamená Palác Velké blaženosti. Byl postaven v roce 1637 mezi řekami
Pho a Mo.
Punakha Dzong se vyznamenal při obraně Bhútánu při vpádu tibetských vojsk v letech 1639 a 1644, kdy obránci úspěšně odrazili útoky.
V Punakha Dzong byl korunován první král moderního Bhútánu a dzong zůstal sídlem vlády až do roku 1952, kdy bylo přemístěno do Thimphu. V roce 2011 se zde konala svatba současného 5. krále. Dzong je rovněž sídlem nejvyššího duchovního představitele Bhútánu.